Câteva luni au trecut după salvarea Pământului de la atacul Alius Academy (în Inazuma Eleven 2), Mark Evans și coechipierii lui sunt chemați de Seymour Hillman să se adune la Raimon Jr. High. Când echipa ajunge la școală, ei văd chipuri familiare din partea jucătorilor japonezi de fotbal care au luptat odată cu ei, cum ar fi Xavier Foster și Jordan Greenway, inițial de la Academia Alius, precum și chipuri noi. Hillman a adunat toți cei mai buni jucători de fotbal ai Japoniei pentru un singur scop; pentru a intra în "Football Frontier International (FFI)". Apreciindu-l pe Mark Evans drept căpitan al echipei naționale din Japonia, acum se străduiesc să conteste cele mai bune echipe de fotbal din întreaga lume! Arătați-vă abilitățile și căutați și recrutați personaje, creați o echipă cu adevărat personalizată și luptați cu prietenii în meciurile multiplayer.